Medinis namas Polocko g. 52 pradėtas statyti 1876 m., kai miesto pareigūno našlė Maria Szulska iš Vilniaus stačiatikių Šv. Dvasios vienuolyno išsinuomojo sklypą Užupio rytinėje dalyje. Vieno aukšto medinis namas su ūkiniu pastatu buvo pastatytas pagal inžinieriaus Ivano Levickio brėžinį. 1887 m. Marijos sūnus Bolesławas Szulskis pagal inžinieriaus Aleksandro Antonovičiaus projektą pristatė antrąjį namo aukštą – mezoniną.
1939 m. sklypą su statiniais iš Vilniaus stačiatikių Šv. Dvasios vienuolyno išsipirko Janas Czepas su šeima. Jo vardas išliko ant medinės namo numerio lentelės, kurios kopija eksponuojama autentiškoje vietoje, ant pietinio fasado, o originali lentelė saugoma Medinės architektūros centro rinkinyje. Šis medinukas buvo statytas kaip gyvenamasis namas ir iki pat muziejaus įrengimo išlaikė savo pirminę funkciją – jame buvo įrengti net 5 butai. 2006 m. jis įtrauktas į Kultūros vertybių registrą. 2012 m. nustatyta, kad namas yra avarinės būklės, tačiau gyventojai iškelti tik 2017 m., Vilniaus miesto savivaldybei išpirkus butus.
Pastato rekonstrukcija prasidėjo 2019 metais. 2022 m. tvarkybos darbai buvo baigti, o tų pačių metų gegužės 18 d. duris atvėrė Medinės miesto architektūros muziejus – Vilniaus memorialinių muziejų direkcijos padalinys. 2023 m. muziejaus pastato rekonstrukcijos ir pritaikymo projektas pelnė net tris apdovanojimus: tarptautinį European Heritage Awards / Europa Nostra Awards 2023 bei du nacionalinius – Paveldo DNR ir Nacionalinį architektūros apdovanojimą (NAA).