Markučių dvaro gyvenamasis namas su dviem mezoninais, išoriškai primenantis šveicariško stiliaus vilą (architektas – vilnietis Hieronimas Lastowskis), niekada nebuvo perstatytas. Tiesa, sovietmečiu greta autentiško dvaro namo atsirado ne itin vykęs mūrinis priestatas. 

Pirmame gyvenamojo namo aukšte išlikę šeši reprezentaciniai kambariai, įrengti XIX a. antroje pusėje: valgomasis, biliardinė, svetainė, Aleksandro Puškino atminimui skirtas kambarys, biblioteka ir kabinetas. Taip pat buvo keli nedideli kambariai tarnams, keli miegamieji ir pagalbinės patalpos, kurių interjero detalės neišliko. Antrame aukšte (mezoninuose) buvo įrengti vaikų kambariai. Juose išlikusios XIX a. koklinės krosnys, o originalų sienų dekorą šiuo metu dengia daugybė dažų sluoksnių. 

Markučių dvaro istorija prasidėjo 1867 m., kai 270 hektarų žemės įsigijo ir namą pastatė Rusijos imperijos inžinierius Aleksejus Melnikovas (1808–1879). Tai įvyko netrukus po 1863 m. sukilimo – laikotarpiu, kai Vilnius buvo Rusijos imperijos Vilniaus gubernijos, suformuotos po trečiojo Abiejų Tautų Respublikos padalijimo 1795 m., administracinis centras.

Markučiai tiesiogiai susiję ir su geležinkelio istorija – 1860 m. Vilnių pasiekė pirmoji geležinkelio linija dabartinėje Lietuvos teritorijoje, sujungusi Peterburgą su Varšuva. Aleksejus Melnikovas buvo vienas šios linijos statytojų, o jos projektą parengė jo brolis Pavelas Melnikovas – Rusijos susisiekimo ministras 1865–1869 metais. Prieš įsikurdama Vilniaus priemiestyje, Aleksejaus Melnikovo šeima – žmona ir penki vaikai – gyveno Varšuvoje ir Sankt Peterburge. Markučiuose jie praleido septynerius metus (1867–1875). 

1875 m. Markučių dvaras atiteko Melnikovo dukteriai Varvarai (1855–1935) kaip kraitis. Nuolat ji čia apsigyveno 1899 metais. Kartu su ja į Markučius persikėlė ir jos antrasis vyras – garsiojo rusų poeto Aleksandro Puškino jauniausias sūnus Grigorijus (1835–1905), atsigabenęs į dvarą kai kuriuos poeto asmeninius daiktus. Melnikovai buvo turtinga ir įtakinga Rusijos imperijos giminė. Varvarai ištekėjus už nacionalinio poeto sūnaus, Markučių dvaras tapo svarbiu rusų kultūros židiniu Vilniuje.