Хотя первый в мире музей города был основан в 1866 году, на Западе волна создания таких музеев прокатилась лишь в начале XX века. Первое известное упоминание о музее города Вильнюса относится к 1912 году, хотя на деле воплощать эту идею начали лишь в межвоенный период.
На рубеже второго и третьего десятилетий прошлого века группа интеллектуалов, академиков и любителей города решила открыть в Вильнюсе, который на тот момент являлся частью Польши, музей, посвященный самому городу. Эти энтузиасты начали собирать коллекцию экспонатов, разыскивая артефакты, связанные с историей столицы. К сожалению, учредительную работу прервала Вторая мировая война. После войны идея создать в Вильнюсе музей города то возникала, то исчезала. В итоге, жителям Вильнюса пришлось ждать реализации этой идеи почти сто лет.